Selamat datang di website Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta· yang mengemban misi " Melindungi pertanian Indonesia khususnya di Wilayah Kerja Propinsi Yogyakarta dari ancaman masuk dan tersebarnya HPHK/OPTK/Keamanan Hayati serta mendukung akselerasi ekspor komoditas pertanian", senantiasa terus berusaha untuk meningkatkan perannya sebagai instrument teknis dalam mengantisipasi perdagangan bebas. Globalisasi perdagangan/free trade membawa konsekuensi meningkatnya intensitas dan frekuensi arus lalu lintas barang dan orang, dimana barrier perdagangan tidak lagi terletak pada tariff , tetapi pada instrument teknis (non tariff barriers) perat ran SPS WTO menjadikan karantina pertanian merupakan satu-satunya technical barier di exit/entry point yang  melindungi pertanian Indonesia dari masuk dan tersebarnya hama penyakit dalam rangka pelestarian, ketahanan, dan keamanan pangan serta sumber daya hayati Indonesia. Balai Karantina Pertanian Kls II Yogyakarta  terintegrasi dalam suatu Jaringan Informasi Nasional lalu lintas komoditas hewan dan tumbuhan oleh Virtual Private Network (VPN) yang akan menghubungkan secara online 51 UPT dan Pusat Barantan beserta 331 wilayah kerjanya, sehingga tindakan perkarantinaan yang dilakukan seluruh UPT Karantina Pertanian dapat dimonitor dan dikendalikan secara real time. Semua ini  sebagai komitmen  meningkatkan peran dan fungsinya sebagai institusi pelayan publik dan penegakan peraturan di bidang perkarantinaa n dengan dilandasi penyelenggaraan pemerintahan yang baik (good government). 

Pada Tahun 1877 sudah dicetuskan peraturan perundang undangan yang berkait dengan karantina (tumbuhan), yakni Ordonansi 19 Desember 1877 (Staatsblad No.262) tentang larangan pemasukan tanaman kopi dan biji kopi dari Srilanka.

Pada tahun 1914 sebagai tindak lanjut dari Ordonansi 28 Januari 1914 (Staatsblad No.161) penyelenggaraan kegiatan perkarantinaan secara institusional di Indonesia secara nyata baru dimulai oleh sebuah organisasi pemerintah bernama Instituut voor Plantenzekten en Cultures (Balai Penyelidikan Penyakit Tanaman dan Budidaya)

Pada tahun 1930 pelaksanaan kegiatan operasional karantina di pelabuhan-pelabuhan diawasi secara sentral oleh Direktur Balai Penyelidikan Penyakit Tanaman dan Budidaya, serta ditetapkan seorang pegawai Balai yang kemudian diberi pangkat sebagai Plantenziektenkundigeambtenaar (pegawai ahli penyakit tanaman)

Pada tahun 1939 Dinas karantina tumbuh-tumbuhan (Planttenquarantine Diest) menjadi salah satu dari 3 seksi dari Balai Penyelidikan Penyakit Tanaman (Instituut voor Plantenziekten).

Pada tahun 1957 dengan Keptusan Menteri Pertanian, dinas tersebut ditingkatkan statusnya menjadi Bagian.
Pada tahun 1961 BPHT diganti namanya menjadi LPHT (Lembaga Penelitian Hama dan Penyakit Tanaman) yang merupakan salah satu dari 28 lembaga penelitian dibawah Jawatan Penelitian Pertanian.

Tahun 1966 dalam reorganisasi dinas karantina tumbuhan tidak lagi ditampung dalam organisasi Lembaga Pusat Penelitian Pertanian (LP3) yang merupakan penjelmaan LPHT. Kemudian Karantina menjadi salah satu Bagian di dalam Biro Hubungan Luar Negeri Sekretariat Jenderal Departemen Pertanian.

Pada tahun 1969, status organisasi karantina tumbuhan diubah kembali dengan ditetapkannya Direktorat Karntina Tumbuh-tumbuhan yang secara operasional berada dibawah Menteri Pertanian dan secara administratif dibawah Sekretariat Jenderal. Dengan status Direktorat tersebut, status organisasi karantina tumbuhan meningkat dari eselon III menjadi eselon II.

Pada tahun 1974, organisasi karantina diintegrasikan dalam wadah Pusat Karantina Pertanian dibawah Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian.

Tahun 1980 berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian No. 453 dan No. 861 tahun 1980, organisasi Pusat Karantina Pertanian (yang notabene baru diisi karatina tumbuhan ex Direktorat Karantina Tumbuhan), mempunyai rentang kendali manajemen yang luas. Pusat Karantina Pertanian pada masa itu terdiri dari 5 Balai (eselon III), 14 Stasiun (eselon IV), 38 Pos (eselon V)dan 105 Wilayah Kerja (non structural)yang tersebar diseluruh Indonesia.

Pada tahun 1983 Pusat Karantina Pertanian dialihkan kembali dari Badan Litbang Pertanian ke Sekretariat Jenderal dengan pembinaan operasional langsung dibawah Menteri Pertanian . Namun kali ini kedua unsur karantina (hewan dan tumbuhan) benar-benar diintegrasikan.

Pada tahun 1985 Direktorat Jenderal Peternakan menyerahkan pembinaan unit karantina hewan, sedangkan Badan Litbang Pertanian menyerhkan pembinaan unit karantina tumbuhan, masing-masing kepada Sekretariat Jenderal Departemen Pertanian.

Pada tahun 2001 terbentuklah Badan Karantina Pertanian, Organisasi eselon I di Departemen Pertanian melalui Keppres No. 58 Tahun 2001.

Balai Karantina Pertanian Kls II Yogyakarta

Karantina Pertanian di wilayah Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta pelaksanaannya oleh Balai Karantina Pertanian Kls  II Yogyakarta Organisasi Eselon I II lingkup Kementerian Pertanian.

Tugas Pokok Karantina adalah melaksanakan perkarantinaan tumbuhan tanaman pangan, hortikultura, perkebunan dan hewan budidaya.

Visi dan Misi

1. Visi

`Karantina Yang Tangguh, Profesional dan Terpercaya`.

2. Misi

a. Melindungi kelestarian sumberdaya alam hayati hewan dan tumbuhan

b. mendukung keberhasilan program pengembangan agribisnis dan peningkatan ketahan pangan nasional

c. Memfasilitasi kelancaran perdagangan/pemasaran produk agribisnis

d. Mewujudkan pelayanan prima kepada masyarakat

e. Mendorong partisipasi masyarakat dalam penyelenggaraan perkarantinaan.

3. Motto

Pelayanan yang Tanggap, Cepat, Profesional dan Bersahabat